本センターは昭和53年10月に「計算機センター」として発足し、平成2年6月に「情報処理センター」に、平成14年4月に「総合情報処理センター」に改組しました。また、平成15年10月には旧大分大学と旧大分医科大学の統合により、新たな総合情報処理センターとなり、その後、平成20年4月からは附属図書館と統合した学術情報拠点内の情報基盤センターとして位置づけられています。
情報ネットワークは、平成3年にFDDI基幹ネットワーク、平成8年にATMネットワークを整備しています。平成19年4月には、旧大分大学と旧大分医科大学の2つの計算機システムの機器更新時期を合わせ、基盤情報システムとして一括導入しました。これにより、学内LANとキャンパス間基幹回線を広帯域化し、情報教育システムや各種サーバの更新、eラーニングシステムの整備・充実も行っています。学外との接続は、SINETを通して広域ネットワークへ接続し、平成28年3月からは10Gbps（冗長化）の帯域で運用しています。また、平成13年3月からは、大分県のギガビットネットワークである「豊の国ハイパーネットワーク」と相互接続し、地域との連携も推進しています。
教育情報システムは、平成7年と11年のシステム更新時に分散システムを導入し、情報処理教育設備を充実してきました。また、マルチメディアの教育および研究利用をさらに促進するため、平成12年度の補正予算でギガビットネットワークシステム、ビデオオンデマンドシステム、リモートアクセスシステムなどからなる「高速キャンパス情報ネットワークシステム」を設置しました。近年では平成27年3月に教育情報システム更新を行い、教育用PCやプリンタシステムを中心に教育情報環境を整備しました。平成29年3月には、基盤情報システムの更新を行い、サンドボックスの導入などセキュリティの強化を図っています。